Bảo tồn, tái tạo các giá trị về cảnh quan thiên nhiên, môi trường sinh thái và đa dạng sinh học của hệ sinh thái đất ngập nước đặc thù, rừng tràm trên đất than bùn.

Vườn quốc gia U Minh Hạ còn có nhiệm vụ bảo tồn và phát triển nguồn gen các loài động thực vật quý, các giá trị văn hóa, tinh thần, di tích lịch sử, phục vụ công tác nghiên cứu khoa học, tham quan và phát triển du lịch.